Si-a dus la bun sfarsit misiunea intr-un mod exceptional, intorcandu-se cu o colectie de 1600 de specimene botanice si zoologice. Curand dupa intoarcerea sa, a publicat o lucrare cuprinzatoare despre cetacei. El este cunoscut ca fiind unul dintre initiatorii cercetarilor etnologice.
Pe data de 1 Noiembrie 1900, cum Henri de Lacaze-Duthiers se hotarase sa-si gaseasca o persoana care sa-i urmeze in activitate, Emil Racovita a fost numit director asistent al laboratorului de oceanologie "Arago " din Banyuls-sur-Mer, care fusese fondat cu douazeci de ani in urma de profesorul sau. In 1901 Racovita devine director al revistei "Arhive de Zoologie experimentala si generala ", o alta creatie a eruditului om de stiinta.
Urmand descoperirii unei noi specii de crustacei de pestera in faimoasa Cueva del Drach pe insula Mojorca, pe care o vizitase in August 1904, Racovita a renuntat la studiile sale legate de oceanografie si s-a devotat in intregime studiilor sale biologice privind universul subteran. In 1907 el a publicat "Essai sur les problemes biospeologiques ", care este considerata a fi certificatul de nastere al biospeologiei (biologia pesterilor) ca stiinta independenta. La aceasi data, el a demarat un program international de cercetare numit "Biospeologica " (cu scop initial de a colecta si documenta monstre din fauna pesterilor). Aceasta activitate care era initial desfasurata doar de el a luat un caracter oficial in 1920 cand Racovita s-a oferit sa faca parte din organizatia universitatii Romane din Cluj, intorcandu-se in patria sa si fondand in capitala Transilvaniei primul Institut Speologic din lume.
Rezultatele programului sau biospeologic sunt exceptionale: 1200 de pesteri explorate in Europa si Africa O colectie incluzand 50.
